Als kleinster Ortsteil verkörpert Merxhausen eine lange Geschichte. Der Ort wird erstmals als “Marcharohusen” in Urkunden um das Jahr 973 n.Chr erwähnt (ob es sich hierbei um Merxhausen handelt, ist noch nicht abschließend geklärt).
1145 wird er als ”Merkereshusen” und 1151 als ”Merkirshusen” genannt.

Die Herren von Blumenstein waren in Besitz des Ortes und übten das Patronatsrecht über die  Pfarrkirche aus. Um das Jahr 1200 wurde der Ort verkauft und an eine Gesellschaft von Mönchen und Nonnen abgegeben, die ein Kloster  errichteten.
Im Stiftungsbrief vom 3. November 1213 heißt es: ”... an dem  Ort, der früher Merkereshuse, jetzt Feld des heiligen Johannes heißt, ...In eben  diesem Orte haben sich, ..., auch einige fromme Frauen mit einigen Brüdern  niedergelassen...”
Der neue Name Johannisfeld setzte sich jedoch nicht durch und schon wenige Jahre später wird der Name Merkereshusen wieder genannt.
Am 29. August 1256 wird die Klosterkirche mit zwei Altären vom Mainzer Weihbischof  Dietrich geweiht. Im Laufe der Zeit verkamen die Sitten im nun reinen  Nonnenkloster. Als in der zweiten Hälfte des 15. Jh. ein Feuer die  Klostergebäude fast völlig zerstörte, schickte man die unverbesserlichen Nonnen in andere Klöster. Das Nonnenkloster wurde 1489 aufgehoben und dem Kloster Windesheim  in der Diozöse Utrecht übergeben . Chorrherrn der Augustinerkongregation des Klosters Böddinger hatten den Wiederaufbau zu übernehmen.

Nachdem die Synode von Homberg 1526 die Einführung der Reformation in Hessen beschloss wurde auch das Kloster Merxhausen im Jahre 1527  säkularisiert . Die ca. 30 Mönche wurden, soweit sie die evangelische Lehre annahmen, als Geistliche eingesetzt.
Durch einen Stiftungsbrief des Landgrafen Philipp der Großmütige wurde am 26. August 1533 das Kloster, zusammen mit dem Kloster in Haina,  in ein Landeshospital umgewandelt. Der Landgraf soll am 26. August von Kassel kommend Merxhausen eingeweiht haben und anschließend nach Haina weitergereist sein. Im  Sinne des Stifters fanden arme, gebrechliche, sieche  und geisteskranke Frauen aus den Dorfschaften des Hessenlandes Aufnahme in den Hospital Merxhausen. Das Hospital Haina war für die Männer zuständig. Somit besteht in Merxhausen das älteste durchgehend, bis heute betriebene Krankenhaus für psychisch Kranke in Deutschland.

Die Versorgung der Patienten spielte sich in dem kleinen Bereich um die heutige Verwaltung ab. Es sind nur noch wenige Gebäude aus dieser Zeit vorhanden. Erst zum Ende des 19. Jh. begann man den durch zahlreiche Neubauten, zuerst entlang der Ems und später, am Anfang des 20. Jh. im Bereich des Roten Feldes das Krankenhaus zu vergrößern und den Bedarf anzupassen.
In der Zeit des Nationalsozialismus wurde durch Euthanasiemaßnahmen viele Patienten in andere Anstalten verlegt und dort getötet. Von den 1115 Patienten in 1941 blieben 1942 nur noch 522 übrig. Im sogenannten Gärtnerhaus wurden Zwangsarbeiter untergebracht. Ab 1942 wurden immer mehr Häuser in Lazerette umgewandelt um die verwundeten Soldaten zu versorgen.

Im Jahr 1953 übernahm  der neugegründete Landeswohlfahrtsverband die gesamte Anlage. Heute ist Vitos Kurhessen verantwortlich.

Kulturell ist die Freilichtbühne "Klosterspiele Merxhausen" überregional von Bedeutung. Ein Novum dürfte die Integration von psychisch Kranken in das Schauspielwesen sein. Alle zwei Jahre finden im Sommer auf der Freilichtbühne innerhalb der Klosteranlage die Spiele statt, die eben von allen Mitbürgerinnen und Mitbürgern getragen werden.