Balhorn ist der älteste Ortsteil der Gemeinde Bad Emstal. Bereits im Jahre 774 wird in einem Kirchenbuch des Stiftes Hersfeld das Dorf als „villa Balahorna“ erwähnt. Der erste namentlich erwähnte Bürger Balhorns war „Henricus aus Balehornum“ im Jahre 1182, der als Schöffe oder Amtmann des Landgrafen Ludwig IV. im Zusammenhang mit einem Tauschvertrag genannt wird.

Im Jahre 1334 wird der Nachbarort Holzkirchen als wüst (verlassen) bezeichnet. Die Gemarkung dieses Ortes, ebenso Teile der Siedlungen Simmenhausen, Gershausen und Schwalgenhausen gehen in der Balhorner Gemarkung auf. Balhorn war zu dieser Zeit schon gut ausgebaut. Daher kommt dem Ort bereits eine besondere Bedeutung zu. Im Jahr 1340 wird Balhorn zum Gerichtsort erhoben und es wird bis zum Jahr 1497 auch über die umliegenden Orte zu Gericht gesessen. Warum diese Rechte verloren gingen ist nicht bekannt.

Von der ersten nachweisbaren Kirche steht heute nur noch der Turm, der nach einer Inschrift im Erdgeschoss aus dem Jahre 1488 stammt. Er hatte eine Wehrplattform mit insgesamt acht Zinnenöffnungen und bot der Bevölkerung in den kommenden Jahrhunderten immer wieder Schutz. Die Kirche selbst und die Dachhaube des Kirchturmes wurden im 17., 18. und 19. Jahrhundert in verschiedenen Bauabschnitten errichtet und erweitert, zu einer der schönsten Kirchen in der gesamten Umgebung.

1585 werden bereits 95 Haushaltungen gezählt, ca. 600 Bewohner. Der Dreißigjährige Krieg (1618-1648) bringt der ländlichen Bevölkerung Hessens eine Zeit schwerster Unterdrückung und Not. Eine Armee nach der anderen zieht durch Hessen und hinterlässt schlimme Verwüstungen. Am 29. September 1631 lagert Tilly mit seinen Truppen in und um Balhorn. Im August 1637 wird der Nachbarort Istha völlig vernichtet und die Balhorner versuchen ihre wertvollsten Schätze, so den Abendmahlskelch und die Patene durch Auslagerung nach Kassel zu retten. 1639 leben in Balhorn nur noch 34 Ehepaare und 7 Witwen mit ihren Familien, weniger als die Hälfte der Bewohner von 1585. Der Dreißigjährige Krieg wird endlich am 24.Oktober 1648 durch den Westfälischen Frieden beendet und die Not in der Region allmählich gelindert. Eine erste ausführliche Beschreibung des Ortes stammt aus dem Jahre 1737, die neben einer Karte auch exakte Angaben zur Zahl des Viehs, des bestellten Landes, der Handwerksberufe und der Bewohner macht. 512 Einwohner werden gezählt, ohne Pfarrer und Schulmeister. 1748 wird das neue Kirchenschiff eingeweiht. Auch der Siebenjährige Krieg (1756 –1763) bringt wieder Leid über das Dorf und die Region. Hessische, preußische, englische und braunschweigische Soldaten ziehen gemeinsam gegen österreichische und französische Truppen, die mehrfach auch im Wolfhager Raum lagern und sich aus den Lebensmittelvorräten der Bevölkerung versorgen. Am Ende des Krieges wird der Schaden des Dorfes Balhorn von dem Greben Schaub auf 34409 Taler berechnet. 1843 wird für die 200 Kinder des Dorfes ein neues Schulgebäude errichtet, nachdem die allgemeine Schulpflicht eingeführt worden war. 1852 werden 910 Einwohner gezählt und bereits im Jahre 1864 wird zur besseren Wasserversorgung des Oberdorfes eine Wasserleitung von den Quellen im Simmenhausen in zwei Laufbrunnen ins Dorf geleitet. Auf Grund einer Preußischen Kabinettsorder wird im Dezember 1873 die Vereinigung lutherischer und reformierter Kirchengebiete angeordnet. Dies führt zur Abspaltung von „renitenten Gemeinden“ u.a. auch in Balhorn. Pfarrer Ludwig Saul tritt mit über der Hälfte seiner Gemeinde zur Renitenz über, so dass bis heute neben der „evangelischen Kirchengemeinde“ eine  „selbständig evangelisch-lutherische Kirchengemeinde“ (SELK) besteht. Die erste öffentliche Wasserleitung, an die alle Häuser angeschlossen werden, wird ab 1902 gebaut, die elektrische Stromversorgung folgt im Jahre 1919. Der Anschluss an den Bahnverkehr durch die Eröffnung der Kassel-Naumburger Kleinbahn erfolgt im Jahre 1904; zwar liegt der Bahnhof weit außerhalb des Dorfes, dennoch gewinnt die Bahnverbindung nach Kassel in den folgenden Jahrzehnten immer größere Bedeutung für die Balhorner. Die beiden Weltkriege hinterlassen auch in Balhorn ihre schrecklichen Spuren. Allein im ersten Weltkrieg fallen 37 Männer aus dem Dorf an der Front, andere kommen verwundet oder verkrüppelt zurück. Der zweite Weltkrieg, nur einundzwanzig Jahre nach dem Ende der ersten Katastrophe kostet noch mehr Blutzoll und Leid. Nach dem militärischen Zusammenbruch rücken am Karfreitag 1945 amerikanische Truppen in Balhorn ein. Später, als sich die Lage wieder einigermaßen normalisiert hatte, finden 73 Flüchtlingsfamilien in Balhorn eine neue Heimat.

Die fünfziger und die sechziger Jahre sind auch in Balhorn durch einen anhaltenden wirtschaftlichen Aufschwung geprägt. Wasserversorgung und Abwasserentsorgung werden modernisiert, in der Bruchstraße wird ein Dorfgemeinschaftshaus mit Kindergarten und Gemeinschaftsgefrieranlage gebaut und am Distelberg entsteht 1968 das neue Waldschwimmbad. 1970 entsteht die neue Grundschule für die Kinder des Dorfes. Straßenbau und Ortskernsanierung wandeln das Ortsbild nachhaltig und verbessern die Wohnqualität spürbar. Durch die Gebietsreform werden die hessischen Gemeinden zu größeren Einheiten zusammengelegt und damit wird Balhorn ab 1.1.1972 ein Ortsteil der neuen Großgemeinde Emstal, die sich wiederum ab 1992 Bad Emstal nennen darf, nachdem die Gemeinde sich inzwischen zum Kurort gewandelt hat. Etwa 1 .800 Einwohner bewohnen im Jahre 2006 Balhorn, den zweitgrößten Ortsteil von Bad Emstal.